При запуске компьютера система сначала проверяет содержимое диска C, поэтому если разместить исполняемый файл explorer.exe в корневом каталоге диска С, система будет использовать эту программу вместо программы explorer.exe из каталога %systemroot% (например, c:\windows).

Причина заключается в том, что записи системного реестра HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon присвоено значение explorer.exe.

Если отредактировать системный реестр и указать полный путь к приложению (например, c:\windows\explorer.exe), будет использоваться корректный исполняемый файл.