Одна из папок Автозагрузка (Startup) принадлежит конкретному пользователю (%systemroot%\Profiles\<Имя пользователя>\Start Menu\Programs\Startup), а вторая принадлежит всем пользователям (%systemroot%\Profiles\All Users\Start Menu\Programs\Startup). Обе папки являются системными, поэтому их удаление невозможно.

Существует возможность скрыть одну или обе папки Автозагрузка (Startup), для чего необходимо установить для папки соответствующий атрибут:

attrib +h %systemroot%\Profiles\<Имя пользователя>\Start Menu\Programs\Startup

Со временем была найдена уловка, позволяющая переместить одну из папок Àâòîçàãðóçêà (Startup) путем копирования группы All Users Startup поверх папки Administrator Startup, что приведет к удалению папки All Users Startup.

Если быть точным, то удалить одну из этих папок невозможно. Должны существовать пути к обеим папкам, равно как и параметры обеих папок.

Тем не менее, параметры папки Автозагрузка (Startup) не зависят от параметров меню Пуск (Start). Проблема заключается в том, что по умолчанию папка Автозагрузка (Startup) размещается именно в меню Пуск (Start).

Измените путь к папке Автозагрузка (Startup) в системном реестре (запись HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Shell Folders) и присвойте ему следующее значение:

%systemroot%\Profiles\<Username>\Startup

Путь к меню Пуск (Start) можно оставить таким:

%systemroot%\Profiles\<Username\Start Menu

Любые ярлыки, которые находятся в папке Автозагрузка (Startup), будут все равно запускаться, даже если не отображаются в меню Пуск (Start).